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廣西醫科大學是廣西目前唯一的省部共建高等醫學院校。學校設有18個二級學院、1個研究生管理學院、1個教學部，即：基礎醫學院、公共衛生學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、腫瘤醫學院、口腔醫學院、武鳴臨床醫學院、護理學院、藥學院、人文社會科學學院、馬克思主義學院、外國語學院、全科醫學院、信息與管理學院、生命科學研究院、國際教育學院、高等職業技術學院、繼續教育學院，研究生院，體育部。學校現有183個實踐教學基地（含7個社區衛生服務中心及全科醫學實踐教學基地），10個校外研究生培養基地，1個醫學人文技能培訓基地，22個高等學曆繼續教育函授站（其中社會函授站7個，包括區外社會函授站2個），5所直屬附屬醫院（第一附屬醫院、第二附屬醫院、附屬腫瘤醫院、附屬口腔醫院、附屬武鳴醫院），14所非直屬附屬醫院：第三附屬醫院（南寧市第二人民醫院）、第四附屬醫院（柳州市工人醫院）、第五附屬醫院（南寧市第一人民醫院）、第六附屬醫院（玉林市第一人民醫院）、第七附屬醫院（梧州市工人醫院）、第八附屬醫院（貴港市人民醫院）、第九附屬醫院（北海市人民醫院）等。
