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昌吉學院設有中文係、中語係、經濟管理係、外語係、數學係、計算機工程係、物理係、化學與應用化學係、體育係、音樂係、美術係、初等教育學院、馬克思主義學院、繼續教育學院、航空學院等15個二級教學單位，共76個本、專科專業（其中40個本科專業，36個專科專業），專業覆蓋法學、教育學、文學、理學、工學、經濟學、管理學、藝術學八個學科門類。學院於2012年獲批教育部“特需項目”建設單位，2013年開始招收工程碩士專業學位研究生，2018年獲批碩士學位授予單位，有材料與化工（材料方向、化工方向）、教育碩士（學科教學·語文、學科教學·數學）兩個專業學位碩士授權點。學院現有數學與應用數學、小學教育、材料物理、能源與動力工程、化學工程與工藝、計算機科學與技術（雲計算）六個自治區一流專業，數學分析、高等代數兩個自治區一流課程；材料科學與工程自治區重點學科，能源與動力工程、計算機科學與技術（雲計算）和網路與新媒體三個自治區重點專業，已逐步形成了專業設置比較合理，多學科共同發展的辦學格局。
